Учредителем "Балтийской Ассамблей Изящных Искусств" является Балтийский Фонд, поэтому структура Ассамблеи полностью зависит от целей и задач самого Фонда. Однако в структуре Ассамблеи могут быть созданы обособленные подразделения по отдельным направлениям, обязанность и ответственность которых определяются Положением о подразделениях Ассамблеи, утвержденном Фондом.

Ассамблея - учреждение культуры, целью деятельности которого является пропаганда и сохранение классического музыкального, оперного и хореографического наследия России и Западной Европы, возрождение и дальнейшее развитие художественной традиции Национального театра, реализации артистических проектов, основанных на соединении художественного потенциала музеев и театров России, архитектурных шедевров Санкт-Петербурга и высших достижений мировой музыки в исполнении мастеров мирового класса; утверждение авторитета Санкт-Петербурга как культурной столицы России на пороге трехсотлетия со дня основания города.

Задача Ассамблеи - участие в реализация долгосрочных, трудоемких и финансово емких культурных программ, таких как: концертная деятельность, гала-концерты, постановка опер, постановка балетов, создание детского театра, организация мини фестивалей, проведение мастер-классов, производство аудио- видео- продукции и прочее.

Сложная структура управления Ассамблеей, ее текущая деятельность осуществляется Почетным Председателем, Председателем и Исполнительной дирекцией.

В настоящее время Почетным Председателем Ассамблеи является Народный артист СССР, лауреат многих международных конкурсов в области балетного искусства Сергей Васильевич Викулов.